Znanstvena djelatnost Muzičke akademije usmjerena je na proučavanje područja znanosti o umjetnosti: glazbene pedagogije, metodike nastave glazbe, povijesti glazbe, harmonije, istarske glazbene tradicije te reprodukcije. U okviru znanstvene djelatnosti Akademije organiziraju se razne tematske glazbene, glazbeno-pedagoške i muzikološke tribine, seminari i simpoziji na kojima sudjeluju ugledni glazbenici, pedagozi i znanstvenici iz Hrvatske i inozemstva.

Znanstvenici sastavnice sudjeluju na domaćim i inozemnim znanstvenim skupovima, kongresima, konferencijama i simpozijima. Rezultate istraživanja glazbenih, glazbeno-pedagoških, muzikoloških i glazbeno-teorijskih tema objavljuju u znanstvenim monografijama, zbornicima i časopisima u zemlji i inozemstvu. Članovi su uredništava znanstvenih časopisa, recenzenti knjiga, radova, udžbenika i nosača zvuka te voditelji i suradnici u znanstvenim projektima.

Studenti glazbene pedagogije pod mentorstvom profesora, objavljuju svoje radove u stručnim časopisima i zbornicima te pomažu u organizaciji glazbeno-pedagoških i muzikoloških događanja, a poseban su doprinos dali utemeljenju i organizaciji Foruma studenata glazbene pedagogije.

Međunarodni simpoziji glazbenih pedagoga

• Prvi međunarodni simpozij glazbenih pedagoga - „Glazbena pedagogija u svjetlu sadašnjih i budućih promjena“, 25.-26. rujna 2009. godine
• Drugi međunarodni simpozij glazbenih pedagoga - „Glazbena nastava i nastavna tehnologija: mogućnosti i ograničenja“, 23.-24. rujna 2011. godine
• Treći međunarodni simpozij glazbenih pedagoga – „Interdisciplinarni pristup glazbi: istraživanje, praksa i obrazovanje, 19.-21. travnja 2013. godine 
• Peti međunarodni simpozij glazbenih pedagoga - Budućnost glazbene nastave: diskursi o pedagogiji u glazbenoj umjetnosti, 18.-20. svibnja 2017.